Linux ukazi


Slurm


Vsa opravila na gruči je treba opravljati preko sistema Slurm. Uporabnik se ne more vključiti na računsko vozlišče z ukazom ssh, če prej ne rezervira posameznega vozlišča z ukazom salloc. Običajno pa uporabniki pošiljajo opravila za izvajanje v sistem v ozadju in niso interaktivno vključeni v sistem. To naredimo z ukazom sbatch, ki mu sledi ime datoteke s skripto za izvajanje. Opravila v vrsti lahko spremljamo z ukazom squeue ali na spletni strani http://hpc-core.um.si/PHPQstat/.

Na voljo je nekaj vzorcev datotek za zagon programov v sistemu Slurm:

Singularity


Singularity omogoča poganjanje programske opreme, ki ni kompatibilna ali ni instalirana na računalniški gruči. Na spletu je mogoče najti posnetke sistemov, ki vključujejo operacijski sistem in aplikativno programsko opremo. Tak primer je OpenFoam, ki ga lahko dobimo v obliki docker slike. Takšno docker sliko lahko iz docker hub uvozimo v singularity sliko, ki jo potem izvajamo na gruči. Za vzporedno izvajanje pa mora biti MPI programska oprema v sliki kompatibilna z MPI programsko opremo na gruči. V primeru IBM MPI kompatibilnost ni problem, v primeru OpenMPI pa je na gruči instalirana verzija 1.6.2 in programska oprema, ki uporablja novejšo MPI knjižnico na gruči ne bo delovala.